http://mysqldba.blogspot.com/2006/12/innodb-performance-bug-will-not-be.html Aparentemente hay un bug reportado hace un año, que hace que MySQL 4.1 tenga un rendimiento horrendo. Lo simpatico del caso es que el bug esta corregido, pero si quieres el parche debes comprarselo a MySQL, o bien migrar a 5.0. Asi con las versiones libres de MySQL ...